В первый период начавшейся советско-германской войны Митрополит встал на путь сотрудничества с оккупационными властями. 1 июля 1941 года, на следующий день после занятия Львова германскими войсками, он обратился к пастве с приветственным посланием по этому поводу. В июле того же года А. Шептицкий встретился с руководителем ОУН (Организация украинских националистов) С. Бандерой и как глава церкви дал согласие на борьбу бандеровцев с большевиками.
23 сентября 1941 года после взятия Киева направил Гитлеру поздравительное письмо, в котором приветствовал фюрера как «непобедимого полководца несравненной и славной немецкой армии»:
- Ваша Экселенция! Как глава Украинской греко-католической церкви, я передаю Вашей Экселенции мои сердечные поздравления по поводу овладения столицей Украины, златоглавым городом на Днепре — Киевом!.. Видим в Вас непобедимого полководца несравненной и славной Немецкой армии. Дело уничтожения и искоренения большевизма, которое Вы, фирер Великого Немецкого Рейха, поставили себе целью в этом походе, обеспечивает Вашей Экселенции благодарность всего Христианского мира. Украинская греко-католическая церковь знает об истинном значении могучего движения Немецкого народа под Вашим руководством… Я буду молить Бога о благословении победы, которая станет гарантией длительного мира для Вашей Экселенции, Немецкой Армии и Немецкого Народа