То есть ты ответить не можешь? И даже идей у тебя нет. Я правильно понял?
Расскажу историю, когда был этот трабл. Нужно было определить один интересный SNP (погугли что это) у одного человека. Делается это как известно, ДНК-чипами (тоже можешь погуглить) -ну там сразу много SNP определится. ПЦР естественно используется для того чтоб получить дохера ДНК, для того чтоб чип сработал. Ну и как тебе должно стать ясно (если ты погуглишь) -на чипе там "сидят" уже подходящие для нужных фрагментов праймеры.
И вот нихрена оно не определилось. При этом другие SNP определились.
Ты конечно же должен был бы сейчас спросить: "***, причем тут праймеры ПЦР, ведь у вас не сработал праймер чипа?" Ну спросил бы в том случае, если бы ты вообще понимал о чем речь. Но поскольку ты не понимаешь нихера -то и не спросишь. Тем не менее я все равно отвечу - "А *** его знает, какой праймер не сработал -то ли чипа, то ли используемый при ПЦР. Может просто не оказалось нужных фрагментов для чипа, а может оказались -но были мутантными". Информации об этом у нас не было и лаборант это тоже не сможет сказать.

Ну и ежу понятно, что причина несрабатывания - это мутация в зоне праймера.
Чувак *****довал делать полногеномный сиквенс (что дорого, но ему было надо). Что там в ВАМ-файлах у него вышло -не знаю, я в те дебри не лезу, там сложно, но может когда захочу разобраться.