Работать в интересах ГРУ Басаев начал с 1991 года, когда его чеченский отряд КНК стали готовить российские офицеры-десантники 345 полка для войны на стороне Абхазии против Грузии. На период подготовки боевикам были присвоены воинские звания, а погоны самого Басаева украсили три звездочки старшего лейтенанта. В 1992 году его батальон принял участие в грузино-абхазском конфликте. Басаев выдвинулся, в короткий срок стал заместителем заместителя министра обороны республики и командующим войсками КНК. Старший лейтенант российского спецназа стал очень уважаемым человеком в маленькой, но гордой Абхазии с населением чуть более 80 тысяч человек. Войну он закончил в должности главнокомандующего войсками Конфедерации Народов Кавказа. Пройдя обучение на базе 345 пдп вместе со своими братьями, а также другими известными "полевыми командирами" - Русланов Гелаевым, Хамзатом Ханкаровым, Сайпутдином Исаевым - Шамиль и Шервани Басаевы продолжили боевую подготовку в Афганистане с апреля по июль 1994 года. Тренировались в лагере моджахедов Ахмада Шах-Масуда, бывшего врага, но, с изменением политической обстановки, союзника России.
