Коронавирус

[Burnash]

Re: Коронавирус (БФ)

Пентиум конечно вообще из другой пьесьі. Я знаю что мРНК изучали довольно долго,но не сильно в етой теме, вот к примеру такой анализ нашел:

⚠ Тільки зареєстровані користувачі бачать весь контент та не бачать рекламу.

Ага.
Вот тут кое-что уже пояснено лучше:

When nucleotide U in stop codons was replaced by Ψ, the rate of misreading of a stop codon by a near-cognate tRNAs increased [17]. Such readthrough events would not only decrease the number of immunogenic proteins, but also produce a longer protein of unknown fate with potentially deleterious effects.

Потому понятно что лучше ставить два подряд.
Однако это не поясняет замену УАА (который всегда и везде вызывает остановку) на УГА (который условный, а в митохондриях вообще не работает). Можно было бы поставить комбинацию УААУАГ например из стопкодонов УАА и УАГ.

Очень любопытно что автор статьи нашел проеб и бионтеха и модерны в том что они весь аргинин закодировали как УГГ, что было бы справедливо для дрожжей в плане эффективности синтеза, но для человека его лучше кодировать УГЦ, так как соответствующие гены транспортных РНК, таскающих аргинин по такому кодону у человека малоактивны

Читаю дальше, спасибо за интересную ссылку.

PS коды у пфайзера и модерны ожидаемо сильно разные.

 

[Burnash]

Re: Коронавирус (БФ)

Модерна влепила сразу все 3 стоп кодона УГАУААУАГ, но тоже зачем-то поставила УГА первым (логично последним). Но это намного лучше с точки зрения синтеза митохондриями -просто получим триптофан на самом конце белка, вряд ли он сильно повлияет, в то время как у пфайзера там может налепиться еще много всего.

 

[Burnash]

Re: Коронавирус (БФ)

Да, бионтех явно налажал, выбрав самый плохой вариант стоп кодона. Об этом пишет автор статьи.

The accuracy is operationally measured by the frequency of misreading of stop codons by nc-tRNAs (leaky termination). The rate of misreading stop codons by tRNAs has been measured for several bacterial species. UGA is the leakiest of the three, with a readthrough frequency of at least 10−2 to 10−3 in Salmonella typhimurium [66] and E. coli {XE “E. coli”} [67,68]. Readthrough also occurs with stop codons UAG and UAA in bacteria [69,70], but at a lower rate. Natural UAG readthrough frequency is mostly within the range of 1.1 × 10−4 to 7 × 10−3, depending on the nature of the downstream nucleotides [70,71,72,73]. The readthrough of UAA occurs at frequencies from 9 × 10−4 to less than 1 × 10−5 [70]. Highly expressed genes in diverse bacterial species strongly prefer UAA codons even in strongly GC-rich genomes with an overwhelming majority of stop codons being UGA

Но и модерна тоже грандиозно ступила, поставив УГА первым:

One might think that the consecutive stop codons in the two vaccine mRNAs would offer a fail-safe mechanism, given the readthrough observed in the translation of not only yeast genes but also mammalian genes [77,78,79]. For example, human MDH1 has a UGA stop codon that is often translated as Trp (encoded by UGG) or Arg (encoded by CGA and other synonymous codons) leading to an extended protein without frameshifting [77]. An additional in-frame stop codon is expected to prevent the production of such unintended proteins with potentially deleterious effects [80]. However, in many cases, misreading UGA stop codons in prokaryotes is associated with a +1 frameshift [81,82,83,84]. Such frameshifting also occurs in eukaryotes, such as the mammalian AZ1 gene with a stop codon context UGAU [85], where UGA is the stop codon followed by a U at the +4 site. The first U in the stop codon in translating AZ1 mRNA is often skipped when the concentration of polyamines is high, resulting in the ribosome reading GAU as the next codon [85]. With such a +1 frameshifting, a downstream in-frame stop codon cannot serve as a fail-safe mechanism. UGA is a poor choice of a stop codon, and UGAU in Pfizer/BioNTech and Moderna mRNA vaccines could be even worse.

 

[Burnash]

Re: Коронавирус (БФ)

В общем, как видим, не я один такой умный -есть и другие. Но это не помешало воплощению тактики "Хуяк-хуяк и в продакшен" и в биоинжененрии.

И это автор еще не коснулся синтеза белка митохондриями, где УГА вообще полный треш делает, просто отметив что и в клеточных рибосомах его часто как триптофан читают.

 

[Сандалия]

Re: Коронавирус (БФ)

это не помешало воплощению тактики "Хуяк-хуяк и в продакшен" и в биоинжененрии.

Наверное, у них тоже дедлайны.
Интересно, конечно, с этими стопкодонами это проеб или хитрый план.

 

[Burnash]

Re: Коронавирус (БФ)

Ага, я раньше тут касался возможной вставки селеноцистеина в цепь (правда в другом свете) и автор статьи пишет:

Both UGAC and UGAU lead to frequent selenocysteine incorporation [65], suggesting poor decoding of UGA as a stop codon with +4Y. In mammalian genes, the effect of the +4 site is consistent among all three different stop codons in experimental studies, with termination efficiency of UAAR >> UAAY, UAGR >> UAGY and UGAR >> UGAY both in vitro and in vivo [65]. For example, the termination efficiency of UGAC is <20% of UAAA [65]. Table 7 suggests that these early experimental results obtained with specific sequence constructs and translation systems are general and real. In short, the optimal stop signal should be UAAA instead of UGAU/UAGU/UAAU in the two mRNA vaccines.

Замена урацила псевдоуридином только ухудшает ситуацию:

One caveat in the reasoning above involves the replacement of U by N1-methylpseudouridine (Ψ) in the two vaccine mRNAs. To alleviate host cells to attack exogeneous vaccine mRNA as foreign RNA [13,58], all uridines in the mRNA vaccines were replaced by Ψ [2,14]. Therefore, the stop signals are ΨGAΨGA instead of UGAUGA in Pfizer/BioNTech’s vaccine, and ΨGAΨAAΨAG instead of UGAUAAUAG in Moderna’s vaccine. As Ψ is more promiscuous in base-pairing than U and can pair with both A and G and, to a less extent, with C and U [16], stop codons become more prone to misreading by tRNAs [17]. It is for this reason that both mRNA vaccines use consecutive stop codons as a fail-safe mechanism, with the hope that no frameshifting occurs when the first stop codon fails. However, UGAU is known to cause a +1 frameshifting. It is reasonable to infer that ΨGAΨ may be the same. I have mentioned before that mammalian AZ1 gene with a stop codon context UGAU is prone to polyamine-induced +1 frameshifting [85]. Such a +1 frameshifting defeats the purpose of having multiple stop codons as a fail-safe mechanism

 

[Burnash]

Re: Коронавирус (БФ)

Наверное, у них тоже дедлайны.
Интересно, конечно, с этими стопкодонами это проеб или хитрый план.

Проеб 100%

 

[Vash-Webmaster]

Re: Коронавирус (БФ)

В общем, как видим, не я один такой умный -есть и другие. Но это не помешало воплощению тактики "Хуяк-хуяк и в продакшен" и в биоинжененрии.

И это автор еще не коснулся синтеза белка митохондриями, где УГА вообще полный треш делает, просто отметив что и в клеточных рибосомах его часто как триптофан читают.

Так что в итоге вакцины работают или что это для обычных людей означает?

 

[Burnash]

Re: Коронавирус (БФ)

Так что в итоге вакцины работают или что это для обычных людей означает?

Работают, конечно. Но хуже чем могли бы и с повышенным риском побочек из-за корявого кода.

 

[Vash-Webmaster]

Re: Коронавирус (БФ)

Работают, конечно. Но хуже чем могли бы и с повышенным риском побочек из-за корявого кода.

Какие побочки? Или те что уже были озвучены?

 

["Б-сеть"]

Re: Коронавирус (БФ)

Вдыхать кашель -это вы палку перегнули, мягко говоря.

А так да - иммунитет обновляется после новых контактов с вирусами.

Для 146% уверенности что обновил.
Анализы доказали что обновил.

 

[alexandern1955]

Re: Коронавирус (БФ)

Та я поэтому и спрашивал, ебу я на каких у них сайтах читать надо. А немецкий я не знаю, чтоб на нем гуглить...

⚠ Тільки зареєстровані користувачі бачать весь контент та не бачать рекламу.

 

[Burnash]

Re: Коронавирус (БФ)

В конце автор выражает надежду что все будут учитывать при создании как вакцин так и других мРНК лекарств:

The two widely used mRNA vaccines, one from Pfizer/BioNTech and the other from Moderna, have been optimized by borrowing from highly expressed human genes. However, there are several inappropriate optimizations. I highlighted and illustrated such cases in the hope that the conceptual framework would facilitate the design of not only vaccines, but also other therapeutic mRNAs.

Ну и благодарит нескольких известных ученых и трех анонимов в комментах за плодотворную дискуссию и высказанные соображения. Так что анонимов тоже читают и они толк говорят.

 

["Б-сеть"]

Re: Коронавирус (БФ)

Не было у вас высоких. Высокие, как написано в анализе от Синево - это >=561 Bau/ml (>= 3950 AU/ml) - сильная вирусо-нейтрализующая реакция с вероятностью 95%.

Выше 150 Bau/ml считается вирусо-нейтрализующая.

 

[Burnash]

Re: Коронавирус (БФ)

Какие побочки? Или те что уже были озвучены?

А хз какие. Никто не знает, надо экспериментально проверять. Может еще со временем вылезут новые.
Но по нормальному надо откорректировать код.

 

[Ribbentrop]

Re: Коронавирус (БФ)

Для 146% уверенности что обновил.
Анализы доказали что обновил.

Как на счёт триппера, сифона и остроконечных кондилом кори, полиомиелита, менингита - есть в планах?

 

["Б-сеть"]

Re: Коронавирус (БФ)

Аналитика вроде неплохая по другим анализам, но ковидные у них ниочем.
Метод не известен, >200 было и у меня. Мало того, что 200 - это мало, но что такое 200 - 201, 210, 300, 500?
Надо в Синева сдавать такой анализ.

Семейные предпочтения после сдавания всяко разных анализов, в том числе и в предложенной вами ковидов и др. лабораториях, на сегодня Аналитека.

 

["Б-сеть"]

Re: Коронавирус (БФ)

Как на счёт триппера, сифона и остроконечных кондилом кори, полиомиелита, менингита - есть в планах?

Могу предложить человека для изучения,он за свою жизнь имел более 10 000 женщин и ни разу не болел ни одной половой болезнью.


ПыСы
Вырос в инфекционной больнице.
Моя бабушка была главный детский инфекционист г.Харькова.

 

[Burnash]

Re: Коронавирус (БФ)

Могу предложить человека для изучения,он за свою жизнь имел более 10 000 женщин и ни разу не болел ни одной половой болезнью.

Ндя? 10000? Предположим, он 40 лет вел активную половую жизнь. Это по 250 женщин год -т.е. практически каждый день новая. Что-то сомневаюсь Ну можно конечно по проститукам выступить, но нужно фиксировать чтобы повторов не было. И немало времени займет проверка таблицы -была ли эта у меня или еще нет.

 

[Ribbentrop]

Re: Коронавирус (БФ)

Работают, конечно. Но хуже чем могли бы и с повышенным риском побочек из-за корявого кода.

Сперва добейся, а потом критикуй ! (с)