В конце марта 1919 уехал в Австрию, создал в Вене Украинский социологический институт. После нескольких обращений Грушевского к украинскому советскому правительству, в которых он осуждал свою контрреволюционную деятельность, ВУЦИК в 1924 году разрешил ему возвратиться на Родину для научной работы, чтобы внести теоретические основы в проводившуюся тогда на практике украинизацию. Был профессором истории в Киевском государственном университете, избран академиком Всеукраинской академии наук, руководителем историко-филологического отдела. Возглавлял археографическую комиссию ВУАН, целью существования которой было создание научного описания изданий, напечатанных на территории этнографической Украины в XVI—XVIII веках. В конце 1920-х годов ряд марксистских историков, в частности М. И. Яворский, выступили с критикой трудов Грушевского и его коллег, занимавшихся исследованиями украинского национального движения второй половины XIX века и акцентировавших вопрос о репрессиях царских властей в отношении украинофилов. Оппоненты Грушевского указывали на недооценку социального, классового фактора, критиковали «буржуазную ограниченность» лидеров украинского национального движения и делали упор на значение русско-украинского революционного сотрудничества[15].
В 1929 году Грушевский был избран действительным ****** АН СССР.
В 1931 году Грушевский был арестован, обвинён в «контрреволюционной деятельности». Ему инкриминировали руководство антисоветским Украинским национальным центром. Репрессиям также подверглись большинство его учеников и сотрудников, которые работали с ним в 1920-х годах.
После освобождения из-под ареста работал в Москве[4].
В 1934 году выехал на лечение в Кисловодск, где скоропостижно скончался после проведения несложной хирургической операции[4].