Все не читал...
Я бы взял хорошую идентичную ЭТОЙ ОС и скопировал бы первых килобайт 64. С нулевого адреса. Правда есть одна тонкость- размер сектора ваш какой. Есть 512 1024 2048 и 4096. Надо таких ячеек скопировать 1024 мин. Может бы ь больше 64к.
.... потом - надо Разобраться что там у вас - смотреть в любом 16 ричном редакторе ваши эти 64 к и те что хорошие 64 к. Экран пополам. Разобраться что за инфа и почему отличается. Найдете вирус где нагадил - скопировать хорошее в тот или те байты. Работы на день. Если знаешь что делать.
Редакторов куча. Любой какой ЗНАЕШЬ.