После того, как в ходе русско-шведской войны 1656-58 Дерпт был занят русскими войсками, занятия в университете прекратились; некоторое время занятия продолжались в Ревеле. По Кардисскому миру 1661 Дерпт был возвращен Швеции, однако деятельность университета возобновилась лишь в 1690 по инициативе короля Карла XI (функционировал под названием Академия Густавиана Каролина, Academia Gustaviana Carolina). В 1699 университет был переведен в Пернов. В начале Северной войны 1700-21 Пернов некоторое время находился под угрозой вторжения саксонско-польских войск. Тем не менее, занятия в университете продолжались до 1709, когда началась эвакуация университетской библиотеки, архива и других учреждений в Швецию. Во время осады Пернова русскими войсками лифляндское дворянство обратилось к царю Петру I с просьбой сохранить университет, на что Петр ответил согласием при условии, что горожане Пернова не будут оказывать сопротивления при вступлении в него русских войск. После капитуляции Пернова Петр I подтвердил обещание сохранить университет. Тем не менее, занятия в университете прекратились, шведские профессора покинули Лифляндию. После того, как по завершении Северной войны Дерпт, как и весь Остзейский край, отошел к России, лифляндское дворянство неоднократно обращалось к российскому правительству с ходатайствами о восстановлении университета в Дерпте (одновременно на права университетского города претендовал и Пернов). В 1734 императрица Анна Ивановна назначила вице-канцлера А. И. Остермана куратором "вновь открываемого" Д. у, однако университет так и не был открыт. Лишь в царствование императора Павла I в апреле 1798 был издан указ, предлагавший курляндскому, эстляндскому и лифляндскому рыцарству "избрать приличное место для учреждения университета и устроить оный". В мае 1799 Павел I утвердил "План Дерптского протестантского университета". В 1800 подготовка к его открытию была прервана решением императора открыть университет в Митаве. Окончательно Акт об учреждении университета в Дерпте ("по причине положения оного в средоточии трех губерний: Рижской, Ревельской и Курляндской") был издан императором Александром I 12 апреля 1801. Торжественное открытие Д. у. состоялось в апреле 1802. 12 декабря 1802 был издан "Акт постановления для Императорского университета в Дерпте" (день 12 декабря стал днем ежегодных торжественных университетских актов).