Хромосомное (связанное с изменением кариотипа, например синдром Дауна) - не сможет, так как там методика другая. Исключение разве что синдромы Кляйнфельтера и Шерешевского-Тёрнера (т.е. связанные с половыми хромосомами).
Но вообще-то аномалии кариотипа если есть, то дают заметный эффект и обычно легко находятся и у нас.
А вот большинство распространенных генетических заболеваний, связанных с мутациями генов -да, определит. Главное, чтоб именно этот SNP был в их чипе. Очень редкие заболевания, наверное не найдет, а вот что-нибудь типа фенилкетонурии -элементарно. Причем определит носительство мутантного гена даже если самого заболевания нет - что имеет значение в плане того, от кого заводить потомство.