К осени 1943 года Иосиф Сталин счёл целесообразным приступить к восстановлению практически полностью к тому времени уничтоженной в СССР Русской православной церкви как полностью подконтрольной руководству СССР структуры, возможно, под давлением союзников по антигитлеровской коалиции, а также руководствуясь внутриполитическими и внешнеполитическими соображениями[7]. 4 сентября 1943 года Сталин пригласил троих митрополитов, представлявших «староцерковное» (ранее государство долгое время оказывало негласную поддержку обновленцам) крыло Православной Российской Церкви[8]: Местоблюститель Патриаршего престола Сергий (Страгородский), митрополит Ленинградский Алексий (Симанский) и митрополит Киевский и Галицкий Николай (Ярушевич). Встреча была информационно и организационно подготовлена Карповым. В ходе встречи Сталин от имени правительства заверил иерархов в поддержке и разрешил избрать Московского Патриарха (по смерти в 1925 году Патриарха Тихона (Беллавина) Московская патриархия не имела полноценного возглавления); для постоянной рабочей связи Патриархии с руководством СССР был создан правительственный орган — Совет по делам Русской православной церкви при СНК СССР. Совет возглавил Георгий Карпов (на должности до 6 февраля 1960 года); продолжал возглавлять также церковный отдел НКВД[9].
Весной 1949 года начальник Отдела пропаганды и агитации ЦК ВКП(б) Дмитрий Шепилов докладывал Сталину о результатах проверки работы Карпова на посту руководителя Совета, в частности, следующее: «<…> Проверкой также установлено, что председатель Совета т. Карпов ежегодно преподносил подарки высшему духовенству Русской православной церкви за счет государственных средств. Такие подарки были произведены в 1944 году, а затем это из года в год повторялось т. Карповым. В 1947 г. патриарху Алексию было преподнесено в день его рождения и именин: парчи — 15 метров, серебряный кубок и малахитовая коробка на общую сумму 14552 рубля; митрополиту Николаю — парчи 10 метров и картина на общую сумму 6585 рублей; протопресвитеру Колчицкому — парчи 12 метров стоимостью в 890 рублей. В 1948 г. на подарки указанным лицам израсходовано 11574 рубля. В 1949 г. т. Карпов для подарка патриарху Алексию в день его именин 25 февраля приобрел телевизор стоимостью в 4 тысячи рублей. В свою очередь, т. Карпов в течение 1944—1947 гг. получал в подарок от патриарха Алексия картины, шкатулку и ковёр»[10]. Практика преподнесения подарков высшему духовенству была начата Советом в 1944 году и была согласована с Управлением делами Совета народных комиссаров СССР и разрешена лично Вячеславом Молотовым[11].
Патриарх Алексий I, как следует из его опубликованной переписки с Г. Г. Карповым[12], находился с ним в доверительных отношениях.
