По современным данным, в ходе вторжения было убито 108 и ранено более 500 граждан Чехословакии, в подавляющем большинстве мирных жителей[8][9]. Только в первый день вторжения было убито или смертельно ранено 58 человек, в том числе семь женщин и восьмилетний ребёнок.
Наибольшее число жертв среди мирных жителей было в Праге в районе здания Чешского радио. Возможно, часть жертв была незадокументирована. Так, свидетели сообщают о стрельбе советских солдат по толпе пражан на Вацлавской площади, в результате которой погибло и было ранено несколько человек, хотя данные об этом инциденте не вошли в отчёты Чехословацкой службы безопасности[27]. Многочисленны свидетельства о гибели мирных жителей, в том числе среди несовершеннолетних и лиц пожилого возраста, в Праге, Либерце, Брно, Кошице, Попраде и других городах Чехословакии в результате немотивированного применения оружия советскими солдатами[28].