Антигомотоксическую медицину часто рассматривают как "близкородственную" гомеопатии. При этом часто упускают из виду то, что хотя антигомотоксические препараты и изготавливаются согласно правилам Немецкой гомеопатической Фармакопеи, но в отличие от классических гомеопатических они применяются/назначаются на основании диагноза и обычных симптомов. Лечение же, согласно представлениям гомеопатии, проводится в соответствии с принципом подобия, а лекарство подбирают согласно так называемой картине лекарственного средства, которая определяется для каждого пациента путем сравнения его симптомов с теми симптомами, которые это лекарственное средство вызывало у других людей (здоровые пробанды, излечившиеся, отравленные). При этом гомеопатическое лекарственное средство оказывается эффективным только для данного пациента, а его эффективность не воспроизводима. "Средство, которое помогло выздороветь одному пациенту, в другом случае может оказаться абсолютно не эффективным".
В антигомотоксической терапии также используется/учитывается картина, но не одного, а группы лекарственных средств, и лечение направлено на тканевой и органный уровень. Поэтому действие антигомотоксических лекарственных средств, как и действие аллопатических, не ограничивается частным случаем, а их эффективность и безопасность воспроизводимы. Об этом свидетельствует большое количество различных клинических работ и исследований, а также научных экспериментов с использованием антигомотоксических препаратов.