Мнение о том, что на карте изображена Антарктида, может быть ошибочным. Это подтверждают многие нестыковки с современной географией местности, которые можно принять за неточности карты, в частности, в той её части, где изображена Южная Америка: дублирование рек, отсутствие пролива Дрейка между южной оконечностью Южной Америки и «незамерзающей» (согласно изображению) Антарктидой. Итоги пристального изучения изображённого побережья говорят в пользу альтернативной теории, согласно которой «дополнительная» суша — всего лишь часть южноамериканского побережья, вероятно, изученная португальскими мореплавателями, но на изображении сильно искажённая (изогнутая вправо). Некоторые фрагменты изображения напоминают прибрежные акватории Магелланова пролива и Фолклендских (Мальвинских) островов; подписи на карте говорят, что климат тех земель тёплый и там водятся крупные змеи, — что противоречит как современной, так и тогдашней (XVI века) действительности (климат тех районов — приполярный с немногочисленной фауной). Также из подписей следует, что весна на прибрежных островах там «приходит рано», что справедливо для Фолклендов, но никак не для островов вблизи Антарктиды[14].
Скептики также отмечают, что якобы имеющееся соответствие между картой Пири-реиса и реальным подлёдным рельефом Антарктиды всё же достаточно условно: масштаб карты таков, что достоверное сравнение мелких деталей невозможно, а степень подобия карты и реального рельефа, определённая «на глаз» может сильно варьироваться в зависимости от априорных установок сравнивающего. Кроме того, само это «соответствие» вызывает дополнительные вопросы. Во-первых, ледник постоянно сходит в океан и своим движением неизбежно меняет рельеф материка, выравнивая его и вынося обломочный материал в океан. Поэтому современный подлёдный рельеф уже должен сильно отличаться от реального древнего рельефа материка до его оледенения. Во-вторых, известно, что масса ледникового щита создаёт дополнительную нагрузку на «лёгкую» материковую кору, из-за чего та «проседает» в мантийном веществе глубже, чем ей следовало бы в отсутствие этой нагрузки. По современным оценкам, материковая плита Антарктиды «утоплена» вниз на глубины до полукилометра. Следовательно, в период, когда льда в Антарктиде не было, береговая линия проходила в другом месте, а часть современного шельфа была сушей. Крайне сомнительно, чтобы береговая линия при этом соответствовала современному подлёдному рельефу.
Вообще, нужно отметить, что Антарктиду на картах рисовал не только Пири-реис. Древних карт с её изображениями разной степени детальности известно несколько, некоторые из них оцениваются исследователями как близкие к реальному материку, но подобие всякий раз определяется «на глаз», с различными оговорками. Предположение о существовании «южной земли» возникло давно и происходит не из практических исследований, а из ранних представлений о необходимости «уравновешивания» планеты равномерным распределением суши. Поэтому гипотетическую «южную землю» на картах мира рисовали многие, как правило, основываясь на теоретических предположениях и отрывочных сведениях, полученных от заплывавших далеко на юг мореплавателей, якобы видевших в тех или иных местах берег.