Субсидию считают двумя разными позициями. В квитанциях ХТС это хорошо видно. Нужно ориентироваться на них и в платежках указывать назначение платежа - отдельно за воду, отдельно за тепло.
Никто назначение платежа не смотрит, деньги закидывают на ваш лицевой, и сумму долга считают целиком (гор.вода/отопление) и (х.вода/канализация). Что прекрасно видно хоть в Мегабанке, хоть в Привате. Только если делать нечего можно по две лишних платежки заполнять.