Чёрный флаг («Чёрное знамя Пророка») использовал Мухаммед в качестве символа новой религии — ислама.[1][2] В дальнейшем он использовался в качестве знамени халифатом Аббасидов. Также утверждалось, что это флаг той армии, которая будет бороться с Даджалем.
В XVI в., во время крестьянских войн в Европе чёрный флаг использовался восставшими крестьянами.
Во время Гражданской войны в США 1861—1865 гг. чёрный флаг поднимали некоторые иррегулярные части Армии КША как символ того, что они не собираются ни давать, ни просить пощады; противопоставлялся белому флагу капитуляции.
Чёрный флаг анархистов является символом этого движения с 1880-х гг. Анархисты используют как простой чёрный флаг, так и чёрный флаг с символом «А в круге», который является отсылкой к известному афоризму Прудона о том, что анархия (фр. anarchie) — мать порядка (фр. ordre).
Полностью чёрный флаг был флагом Афганистана в 1880—1901 гг. (см. Флаг Афганистана)
После капитуляции нацистской Германии во Второй мировой войне немецким подводным лодкам было приказано поднять чёрный флаг, прибыть в порты Союзников и сдаться.[3]