Гейтс учился в самой привилегированной школе 
Сиэтла «Лейксайд», где он смог развить свои навыки программирования на школьном 
мини-компьютере. В тринадцать лет Билл написал свою первую программу — игру «Крестики-нолики» на языке программирования 
BASIC. В восьмом классе на занятиях по программированию, он познакомился с десятиклассником 
Полом Алленом. Со своими друзьями Гейтс тестировал компьютер 
PDP-10 корпорации 
Digital Equipment, принадлежащей Computer Center Corporation (ССС). Когда время, отведённое Биллу и его другу Полу для работы в ССС, истекло, они взломали программу. За взлом компьютеров четырём студентам школы — Рику Вэйленду, Кенту Эвансу, Полу Аллену и Биллу Гейтсу — запретили работать на компьютерах в течение всего лета. Инициатором наказания стала компания Computer Center Corporation, чей компьютер студенты взломали. По истечении наказания студенты предложили компании находить ошибки в их программном обеспечении за возможность работать на компьютерах компании. Компания согласилась, и Гейтс с товарищами изучали множество исходных кодов программного обеспечения, написанных на таких языках, как 
FORTRAN, 
LISP и в 
машинном коде. Данное сотрудничество продолжалось до 
1970 года, пока компания не обанкротилась. В следующем году компания Information Sciences, Inc. наняла четырёх студентов (включая Билла и Пола), чтобы написать программу ведения платёжных ведомостей. Программа нужна была на языке 
Кобол, взамен ребята получали бесплатное рабочее время на 
PDP-10. Свою компанию они назвали Lakeside Programming Group, но завершить работу не смогли.
В школе Гейтс не преуспевал в грамматике, обществоведении и других предметах, которые он считал тривиальными, но получал высшие отметки по математике