По сообщению русской повести о разгроме Новгорода, Иван велел обливать новгородцев зажигательной смесью и затем, обгорелых и ещё живых, сбрасывать в Волхов; иных перед утоплением волочили за санями; «а жен их, мужеск и женск пол младенцы» он повелел «взяху за руце и за нозе опако назад, младенцев к матерем своим и вязаху, и с великия высоты повеле государь метати их в воду». Священники и монахи после различных издевательств были забиты дубинами и сброшены туда же. Современники сообщают, что Волхов был запружен трупами и живое предание об этом сохранялось ещё в XIX веке.
Людей забивали до смерти палками, бросали в реку Волхов, ставили на правёж, чтобы принудить их к отдаче всего своего имущества, жарили в раскаленной муке. Новгородский летописец рассказывает, что были дни, когда число убитых достигало полутора тысяч; дни, в которые избивалось 500 − 600 человек, считались счастливыми. Шестую неделю царь провёл в разъездах с опричниками для грабежа имущества; были разграблены монастыри, сожжены скирды хлеба, избит скот.
Частные дома и церкви были ограблены, имущество и продовольствие новгородцев уничтожено. Отряды опричников, разосланные на 200—300 км, творили грабежи и убийства по всей округе. Число погибших неизвестно, современные учёные их считают от 4-5 (Р. Г. Скрынников) до 10-15 (В. Б. Кобрин) тысяч, при общем количестве населения Новгорода в 30 тысяч
