Однако есть также доказательства смешения между неандертальцами и современными людьми[39]. В 2009 году профессор Сванте Паабо из Института эволюционной антропологии Макса Планка в Лейпциге сообщил на ежегодном собрании Американской ассоциации содействия развитию науки об успешном прочтении ядерного генома неандертальца. Первоначально каких-либо признаков гибридизации кроманьонцев с неандертальцами не удалось обнаружить[40]. Однако уже к маю 2010 года гены неандертальца были найдены в геномах целого ряда современных народов[41][42]. «Те из нас, кто живёт за пределами Африки, несут некоторое количество ДНК неандертальца», — заявил профессор Паабо. «Генетический материал, унаследованный от неандертальцев, составляет от 1 до 4 %. Это немного, но достаточно, чтобы утверждать о достоверном наследовании существенной части признаков у всех из нас, кроме африканцев» — сообщил доктор Давид Райх из Гарварда, также участвовавший в работе. В исследовании геном неандертальца сравнивали с геномами пятерых наших современников из Китая, Франции, Африки и Папуа — Новой Гвинеи. Скрещивание было зафиксировано и, вероятно, произошло вскоре после миграции предков современного человека из Африки, то есть на территории Ближнего Востока, поскольку у трёх человек из разных регионов мира, за исключением Африки, пропорция генов неандертальца примерно одинакова. Обратный дрейф генов, от современного человека к неандертальцам, обнаружен не был. Это объясняется взаимодействием небольшой группы африканских колонистов с многочисленной популяцией неандертальских аборигенов, населявших в то время Ближний Восток. В то же время, авторы исследования не могут полностью отбросить и альтернативное объяснение присутствия генов неандертальцев у современных людей, согласно которому небольшая группа, от которой произошло все население Евразии, Америки и Австралии, изначально генетически отличалась от остального африканского населения и была ближе к неандертальцам, чем остальные. Скрещивание является лишь наиболее вероятной версией[41]. В Рипаро ди Меззена (север Италии) найдены, предположительно, останки гибрида неандертальца и Homo sapiens, жившего ок. 30—40 тысяч лет назад[43]. В Староселье (Крым) было обнаружено погребение ребёнка вида Homo sapiens с отдельными неандерталоидными признаками[44][45].
Неандертальцы совершенно свободно скрещивались с людьми, однако для потомков таких "межвидовых" браков в этом не было ничего хорошего.
Генетики из Стэнфордского университета пришли к выводу, что присутствие генов Homo neanderthalensis в ДНК человека (за исключением кроме африканцев) несет ряд негативных последствий. Неандертальцы, в силу ряд своих особенностей, имели примерно на 40 процентов меньший репродуктивный фитнес (упрощенно - вероятность появления определённых генов родителей у их потомков). Часть этих особенностей перешла к европеоидам и монголоидам, что, в теории, негативно влияет на их способности к размножению. Соответствующая статья опубликована в журнале Genetics.
Исследователи провели детальный анализ ранее опубликованных данных расшифровки генома неандертальца. А затем решили установить, насколько его особенности влияли на репродуктивный фитнес этих гоминид. Под репродуктивным фитнесом понимают свойство определённых аллелей (различных форм одного и того же гена, расположенные в одинаковых участках сходных хромосом) с высокой или, наоборот, низкой вероятностью быть унаследованными последующими поколениями в данной популяции. Расчеты показали, что из-за частого близкородственного скрещивания и очень малой численности неандертальцев среди них очень слабо действовал естественный отбор, и быстро накапливались вредоносные мутации.
В сумме репродуктивный фитнес для неандертальцев был на 40 процентов ниже, чем для людей современного типа, утверждают авторы новой работы. Это означает, что их способность к воспроизведению была ниже, чем у Homo sapiens. Более того, те из современных людей, кто несет в своих генах следы неандертальского генома, все еще страдают от этого пониженного фитнеса. К счастью, наиболее вредоносные их гены уже были выбракованы эволюцией. Однако репродуктивный фитнес европеоидов и монголоидов, чьи предки смешивались с неандертальцами, всё еще, примерно, на один процент ниже, чем у африканцев. Предки последних, как известно, с неандертальцами не смешивались.
Из новой работы следует неожиданный вывод: скрещивания людей с неандертальцами было гораздо более частым явлением, чем считалось ранее. С учетом выбраковки наиболее опасной части генетического наследства последних, исходная доля неандертальских генов для европеоидов была в районе 10 процентов, а не 2-4 процентов, как сейчас. Поскольку неандертальцев было примерно на порядок меньше, чем современных им людей, получается, что все они скрещивались с людьми практически свободно, а не изредка, как считалось ранее.
По современным представлениям именно неандертальцам неафриканская часть современных людей обязана цветом кожи, а также отдельными особенностями иммунитета.