Со второй половины 2013 года у Каримовой начались проблемы в связи с её, как считали узбекские специальные службы, политическими амбициями и желанием возглавить Узбекистан[11][12][51][52]. Узбекские спецслужбы проинформировали её 75-летнего отца, президента Каримова о намерениях дочери и представили ему собранное досье с финансовым компроматом на наследницу и фактами о её поведении, неподобающем мусульманской женщине[12][51][52][53]. После этих событий Гульнара по существу оказалась под домашним арестом, ей запрещено пользоваться интернетом и общаться с внешним миром, её микроблог Twitter перестал обновляться, из информационного пространства исчезли её актуальные фотографии (см. также).
26 июня 2014 года в мировой прессе появились сведения о том, что Каримова прекратила отвечать на звонки родственников, и им неизвестно о её местонахождении. Сын Ислам, лишённый возможности связи с матерью, публично попросил узбекские власти предъявить доказательства того, что она жива[4][53][54].
В конце августа 2014 служба иновещания BBC получила аудиозапись от Каримовой, в которой говорится, что с ней и её дочерью обращаются «хуже чем с собаками» и им требуется срочная медицинская помощь[55].
В сентябре 2014 Каримова наняла лондонское PR-агентство Davidson Ryan Dore для передачи на Запад своих снимков. Снимки, тайно вывезенные из Ташкента, были опубликованы Би-би-си в середине сентября[56].
