У липні 2013 року Шепелева затримали в Будапешті за підозрою української сторони в організації вбивства, замаху на вбивство, присвоєння майна, зловживанні службовим становищем і ряді інших злочинів. Розшукуваний екс-депутат звинувачувався в розкраданні коштів «Родовід Банку» на суму быльше 220 млн гривень і замовленні кількох убивств, зокрема, банкіра Сергія Кириченка в 2003 році і полковника МВС Романа Єрохіна в 2006, замаху на вбивство банкіра Сергія Дядечка в 2012 році, а також в участі спільно з бізнесменом Павлом Борулько в організації розкрадання держкоштів рефінансування Нацбанку на суму 315 300 000 гривень в березні-травні 2009 року[13]. 27 травня 2014 року його екстрадували з Угорщини в Україну, оскільки йому і його дружині відмовили в політичному притулку[14]. Після повернення в Україну суд обрав запобіжний захід для Шепелева в вигляді арешту[15]. Його дружину відпустили під заставу більше 6 млн гривень. Вночі Шепелев втік з лікарні швидкої допомоги зі своїм охоронцем і зник. Екс-нардеп був оголошений в розшук правоохоронними органами України та Інтерполом[16]. У березні 2015 року його затримали російські правоохоронці[17]. 21 березня 2015 року російський суд виніс постанову про екстрадицію Шепелєва, проте він так і не був переданий Україні, оскільки, за даними ЗМІ, пішов на угоду з Федеральною службою безпеки Росії і дав свідчення на ряд українських політиків[18]. В обмін на співпрацю, Шепелев був випущений з російського СІЗО, а Україна отримала офіційну відмову про передачу екс-політика на батьківщину[19]. У серпні 2016 року головний військовий прокурор України Анатолій Матіос повідомив, що стосовно Шепелєва зареєстровано кримінальне провадження за ч.1 ст.111 (державна зрада) Кримінального кодексу України[20]. 13 серпня 2016 року Військова прокуратура України викликала колишнього депутата Верховної Ради України Олександра Шепелєва на допити 17-18 серпня. Того ж дня повістки були опубліковані в офіційному виданні центральних органів виконавчої влади «Урядовий кур'єр»[21]. У листопаді 2017 року у Росії на Олександра Шепелева порушили кримінальну справу. У РФ його підозрюють в спробі дачі хабара посадовій особі[22]. 28 грудня 2017 року Шепелева заарештували на два місяці та оголосили у міжнародний розшук[22]. 8 лютого 2018 року Олександра Шепелева було затримано під Києвом. При собі екс-нардеп мав кілька документів, у тому числі посвідчення співробітника так званого «міністерства державної безпеки ДНР» (як підполковник Борух Микола Володимирович)[23]. 4 липня 2018 року Головний військовий прокурор України Анатолій Матіос повідомив, що колишній народний депутат України «Ш» підозрюється у замовленні викрадення та подальшому вбивстві полковника міліції Романа Єрохіна у 2006 році. Пізніше стало відомо, що йдеться про Олександра Шепелева, якому вранці 4 липня була вручена підозра у вчинені кримінального злочину. Відомо, що Роман Єрохін під час роботи у міліції Донецької області в управлінні по боротьбі з організованою злочинністю викрив конвертаційний центр на базі одного з комерційних банків Донецька, власником якого був Олександр Шепелев. 26 липня 2006 року Роман Єрохін був викрадений у Києві, де він тоді працював, та вбитий. Також стало відомо, що Олександр Шепелев планував низку інших вбивств, зокрема, свого конкурента у банківській сфері, яке не було реалізовано.
Из вашего каждого утюга неслось - Свободу Савченко, а теперь: Забирайте?
