В течение 30 лет пребывания в джунглях Лубанга Онода адаптировался к их условиям, вёл кочевой образ жизни, собирал сведения о противнике и событиях в мире, а также осуществил ряд нападений на филиппинских военнослужащих и полицейских. Разведчик питался сушёным мясом диких буйволов, которые были подстрелены им самим, а также плодами пальм, преимущественно кокосов. Со своими подчинёнными Онода совершил более ста нападений на американскую радарную базу, филиппинских чиновников и полицию. В ходе этих операций им были убиты 30 и тяжело ранены более 100 военных и гражданских лиц.
Во время одного из нападений на базу противника разведчик получил радиоприёмник, переоборудовал его на принятие дециметровых волн и стал получать информацию о положении в окружающем мире. Он также имел доступ к японским газетам и журналам, которые оставляли в джунглях члены поисковых японских комиссий. Он был хорошо осведомлён о событиях в Японии: знал о женитьбе принца Акихито в 1959 году, о проведении Летних Олимпийских игр в Токио в 1964 году и о «японском экономическом чуде», но отказывался верить в поражение своей страны во Второй мировой войне. Ещё перед отправкой на фронт Оноду учили в офицерском училище, что противник будет прибегать к массовой дезинформации о конце войны, поэтому он воспринимал все события политического характера под искажённым углом зрения. Так, разведчик думал, что правительство, которое контролирует Японию после 1945 года, — это марионетка США, а настоящее Императорское правительство находится в изгнании на территории Маньчжурии. Начало Корейской войны 1950—1953 годов казалось Оноде началом контрнаступления японцев из Маньчжурии на позиции США на юге Кореи, а затяжная война во Вьетнаме 1959—1975 годов расценивалась им как успешная кампания Императорской армии Японии против американцев, которые вот-вот должны капитулировать.