В теории как раз LionHeart очень даже прав. Если программа скомпилирована под архитектуру i386, а проц поддерживает инструкции новее, то если скомпилить под новую архитектуру того же c2d, будет работать быстрее, но конечно незначительно, в этом плане .NET как раз со своим джит компилятором выигрывает.