Одновременно с иском от родственников погибших ОАО «Авиакомпания „Сибирь“» подала иск к Министерству обороны Украины и Государственному казначейству Украины о возмещении ущерба: сумма исковых требований включала в себя рыночную стоимость уничтоженного самолета с дополнительным оборудованием, расходы, связанные с расследованием катастрофы, расходы по страхованию, упущенную выгоду в связи с потерей самолёта и моральный вред. Рассмотрение дела длилось больше семи лет и закончилось победой стороны защиты МО Украины: основываясь на проведенной Киевским научно-исследовательским институтом судебных экспертиз дополнительном анализе материалов Государственной комиссии по расследованию — в удовлетворении исковых требований было отказано полностью[32][5]. 10 октября 2011 года проигравшей стороной была подана апелляция в Хозяйственный апелляционный суд Киева[34].
28 мая 2012 года Киевский апелляционный хозяйственный суд отклонил жалобу российской авиакомпании «Сибирь» (S7 Airlines) на решение суда первой инстанции, который не признал вину украинских военных в крушении российского Ту-154 в 2001 году[35]. 11 декабря 2012 года Высший хозяйственный суд Украины оставил решение в силе. Представители авиакомпании заявили о намерении обратиться в Европейский суд по правам человека[36], однако после того как 21 апреля 2013 года ВХС отказался передать дело на рассмотрение Верховного суда Украины, авиакомпания, пройдя все возможные инстанции на Украине, не воспользовалась возможностью обратиться в ЕСПЧ[37]. Таким образом, финансовые претензии «Сибири» также не были удовлетворены.