Чего-то паспортист Ваш недопонимает. Единственное что требуется - справка о составе семьи отца ребёнка (подтверждение того, что ребёнок у отца не прописан, чтобы у ребёнка не было одновременно два места регистрации) и и Ваше заявление о регистрации по вашему адресу.
Если хотите, можете наказать паспортный отдел отца. Дети не могут "выписываться" в никуда. Спросите паспортиста по месту проживания отца какой адрес вписан в карточку как место убытия (на какой адрес они выписывали ребёнка) и на каком основании (заявление отца, свидетельство о праве собственности на недвижимость по адресу убытия, заявление владельца о согласии прописать по новому адресу). Мягко улыбаясь, спросите, когда им будет удобно принять сотрудников прокуратуры и органов опеки и попечительства с проверкой.