Правильный - вариант №2 (ФОТ-НСЛ-удержания)х15%.
За переплату - только орден на *****. Пока за искажение данных в 1-ДФ штрафов нет.
Если есть переплата - держите ее про запас. Можно, конечно, попробовать провести сверку по л/с, но для Вас это, скорее всего обернется проверкой, а ГНИ, как известно, без штрафов проверки не отпускают. И получится, что хотели таньга вернуть, а по факту еще приплатите. Поэтому пусть лучше висит по Дт6411 и ждет плановую проверку.
Ой, у Вас НСЛ нет. Тогда (ФОТ-удержания)...