Захворювання зазвичай розвивається, коли людина вживає їжу, що накопичила токсин внаслідок забруднення її та розмноження вегетативних форм збудника, тобто якщо в харчовому продукті виникли анаеробні умови. Найчастіше це в'ялена або слабо просолена риба, ковбаса, шинка, м'ясні, рибні, овочеві, грибні консерви. Якщо, наприклад, консервування було проведено із закриттям скляної банки негерметичною (наприклад, поліетиленовою м'якою) кришкою, то в такому продукті не буде суворої анаеробізації й тому там не виникає умов для утворення ботулотоксину. Якщо ж така скляна банка була закатана металевою кришкою, то всередині такого продукту можливий анаеробізм, що призводить до утворення ботулотоксину в разі недотримання інших умов стерилізації.
Якщо м'ясо тварин було заражене після смерті внаслідок неправильного зберігання туш, оброблення без дотримання санітарних норм, недостатньої термічної обробки напівфабрикатів — все це може призвести до накопичення ботулотоксину. При домашньому варінні ковбас слід ретельно обробляти кишечник (який використовують як зовнішню плівку ковбаси), де могли б бути за життя тварини хвороботворні ботулінічні мікроорганізми. У виробництві консервів з овочів і грибів треба бути особливо обережними, щоб вимити з цих продуктів залишки ґрунту, що теж можуть містити ботулінічні палички або спори. Зараження риби можливе як ендогенно, так й екзогенно. Вирішальними є умови перевезення, обробки та зберігання риби. Так, риба, яку зберігають і перевозять навалом, без тари, буває в 7 разів частіше інфікована і нерідко вже містить ботулотоксин у м'якоті. Дуже небезпечним є тривале зберігання пораненої риби на поверхні ґрунту, тому що з нього теж можуть потрапити в глибину рани, де є анаеробні умови, спори ботулінічного збудника. Якщо з такої риби варити суп або смажити її, то токсин інактивується і захворювання не виникає. Але якщо така заражена риба буде використана для засо́лювання в слабкому посолі, копчення, в'ялення, то в ній можливе збереження ботулотоксину. Навіть при сильному солінні треба пам'ятати, що утворення ботулотоксину в такій зараженій рибі може відбутися до соління і, навіть, в перші дні після соління, допоки концентрація солі в продукті все ще недостатня, щоб затримати вироблення ботулотоксину.
Накопичення ботулотоксину в продуктах харчування, як правило, не змінює їх органолептичних властивостей. Однак деякі штами серотипу А та В, породжуючи протеоліз, можуть змінити смак продукту. Людина, спробувавши таку їжу, відмовляється від подальшого вживання її, але для виникнення ботулізму іноді досить, щоб навіть слідові кількості ботулотоксину потрапили у ротову порожнину. Небезпечно вживати здуті консерви, навіть якщо смак та інші якості продукту не змінилися.