1. При нагреве браги для перегонки происходит термический крекинг тяжёлых органических веществ — сахаров, белков, дрожжей и т. д. В результате чего получается множество лёгких летучих органических соединений, в том числе и ядовитых, например: метиловый спирт. Для полного удаления из браги тяжёлых веществ необходимо неукоснительное соблюдение процесса дистилляции, которое нельзя заменить, например многократным вымораживанием и химическим осаждением в кустарных условиях. Обычно рекомендуется избавляться от первой фазы перегонки (2-8 % всего объёма) как непригодной для употребления, ввиду повышенного содержания в ней метанола.
2. Хотя температура кипения каждого вещества при заданном давлении строго определена, его активное испарение происходит и при меньших температурах (аналогично, хотя чай в чашке не кипит, пар от неё идёт намного сильнее, чем от холодной воды). Так что даже если поддерживать температуру браги строго равной температуре кипения спирта, всё равно вслед за ним испарится немало таких компонентов, как сивушные и эфирные масла. Дополнительного очищения добиваются повторной дистилляцией.