В персонификацию в ПФУ ваш бухгалтер обязан был включить данные о з/п и сборах в том периоде, когда начислялась з/п, а не когда выплачивалась. И взносы в ПФ платятся не в момент выплаты з/п, а до 20го числа каждого месяца, следующего за месяцем начисления з/п. Иначе штрафы.
Я считаю, что ваш бух прав, если правильно сдавалась персонификация за период начисления з/п.