Потому что этимология - надо знать, откуда это имя пришло изначально, как оно произносилось на том языке, из которого пришло, и как трансформировалось под русскоязычную челюсть.
Евгений из французского - звучит как Эжен/Эжени - отсюда Женя
То же самое с Николаем - Николя - Коля
Александр - АлексАША - Саша - СашУРА - Шура - Шурик
с учётом того, что до революции русская интеллигенция и дворянство знали французский гораздо лучше, чем русский (особым шиком считалось русский вообще не знать, зато чисто говорить на французском), нет ничего удивительного в именах. Во французском вообще дичь с написанием и произношением.
