26 ноября 2009 года в новостных лентах появилось сообщение о том, что Охлобыстин попросил Патриарха Московского и всея Руси Кирилла освободить его от служения из-за «внутренних противоречий». 8 февраля 2010 года Кирилл исполнил просьбу, отстранив его от священнослужения, запретил ношение священнических одежд и иерейского креста. Патриарх отметил, что если священник Иоанн Охлобыстин сделает «окончательный и однозначный выбор в пользу пастырского служения», то его временное запрещение в служении может быть снято. 29 ноября в интервью газете «Московский комсомолец» Охлобыстин заявил, что в течение ближайших двух лет намерен вновь вернуться к служению в церкви.
С декабря 2010 года ведет на «Фейсбуке» блог от имени своего персонажа доктора Быкова из телесериала «Интерны», где перемежает факты собственной биографии с событиями жизни вымышленного героя. До начала января 2014 года состоял на должности креативного директора компании «Евросеть».
С 21 января по 25 июня 2012 года вёл программу «Первый класс» на Первом канале.
С 15 января 2014 года — креативный директор производителя и поставщика одежды Baon