Wrong! Это то же самое, что сказать, что нет никакой разницы между ассемблеристом и программистом на С++ - ведь и тот и тот программирует в императивном стиле. Или, скажем, между Java и C# - и там и там виртуальная машина со сборщиком мусора.
А на деле внутренние кишки Windows и Linux разительно отличаются. И для того, чтобы писать нативные приложения под Linux нужно таки знать и понимать принципы функционирования этой операционной системы на уровне архитектуры и API.