По состоянию на 1 января 1999 года безвозвратные потери СССР (убитые, умершие от ран, болезней и в происшествиях, пропавшие без вести) оценивались следующим образом: СА — 14 427 чел., КГБ — 576 чел. (в том числе 514 военнослужащих ПВ), МВД — 28. Итого — 15 031 человек.
Санитарные потери — 53 753 раненых, контуженных, травмированных; 415 932 заболевших. Из заболевших — инфекционным гепатитом — 115 308 чел., брюшным тифом — 31 080 чел., другими инфекционными заболеваниями — 140 665 чел.
Из 11 294 чел. уволенных с военной службы по состоянию здоровья остались инвалидами 10 751 чел., из них — 1-й группы — 672 чел., 2-й группы — 4216 чел., 3-й группы — 5863 человека.
Точные данные о погибших афганцев неизвестны. По разным источникам, эти потери могли составить от 1 до 2 млн. человек.