0) В БИОС выбираем AHCI
1) SSD выкидываем. Для файлопомойки он имеет смысл только в качестве кеша (в упомянутом FreeNAS и иже с ним систему вообще принято ставить на /медленный-по-определению/ USB Stick. На скорость не влияет).
2) Каждый диск разбиваем на 4 основных раздела. Примерно:
- 2 Гб, тип 82 (swap).
- 30 Гб, тип fd (raid autodetect).
- 500 Гб, тип fd (raid autodetect).
- оставшееся место, тип fd (raid autodetect) или 8e (LVM).
3) При инсталляции Debian создаем по 1-му swap разделу в первом разделе каждого диска. При монтировании указываем им одинаковый приоритет, получится тот-же страйп (типа, ускорение работы со swap разделом).
4) Систему ставим на mdadm RAID1 (md0). 30 ГБ "за глаза" с большим запасом.
5) Под хранение важных данные делаем mdadm RAID1 (md1). В примере - 500 ГБ.
6) Оставшееся место на каждом диске собираем в LVM vg или mdadm raid0 по желанию. Это будет большая "файлопомойка".
---------------------------------
На самом деле, проще и правильнее все разделы создавать на LVM. Но, если это "первые шаги", то подойдет описаная выше простая схема.
Удачи!