Американское правительство заявило, что иранский авиалайнер по ошибке был идентифицирован как истребитель F-14 ВВС Ирана. Иранское правительство, однако, утверждает, что «Vincennes» сознательно атаковал гражданский самолёт. ..Согласно официальным заявлениям правительства США авиалайнер был ошибочно опознан крейсером «Vincennes» как атакующий иранский военный самолёт. Рейс 655 совершал полёт по профилю, напоминающему профиль выхода в атаку F-14A «Tomcat», состоявшего на вооружении ВВС Ирана. Кроме того, самолёт вылетел из аэропорта Бендер-Аббас, который служил не только коммерческим аэропортом, но и аэродромом базирования иранских F-14.
По тем же сообщениям «Vincennes» 11 раз пытался связаться с рейсом 655 по радио, но не получил от него ни одного ответа, При этом лишь 3 сообщения были отправлены на гражданской частоте, команда «Vincennes» при связи не использовала уникальный код иранского самолёта, который был получен через систему распознавания целей.
В 10:24 IRST крейсер выпустил ракету «SM-2MR» «земля-воздух» по находящейся в этот момент на расстоянии около 20 километров неопознанной воздушной цели. Ракета попала в самолёт, в результате чего он разрушился как минимум на две части и рухнул в море. Только после попадания самолёт был опознан командой крейсера как иранский авиалайнер.
Эта версия была изложена в рапорте адмирала Уильяма Фогарти (англ. Willian Fogarty), который возглавлял официальное расследование этого инцидента. Рапорт был рассекречен и опубликован только частично: часть первая — в 1988 году, а вторая — в 1993 году. Выводы, изложенные в рапорте, встретили большую волну критики.
Основной причиной инцидента в официальном рапорте названо психологическое состояние команды «Vincennes», действовавшей в боевой обстановке под большим давлением, а также схожесть полётного профиля лайнера с предполагаемым профилем атаки иранского истребителя.
