Если бы открыли письмо на почте, можно было бы составить акт о том, что в нём находится, с участием сотрудников почтового отделения.
Если это случилось уже в офисе, можете попробовать составить такой акт при участии ваших сотрудников.
Но это промежуточное действие, в принципе.
Считаю, стоит обратиться с письменным запросом в налоговую службу о предоставлении копии акта проверки в связи с непоступлением его вам по почте (можно в нем изложить обстоятельства получения письма с пустыми листами).
Можно прямо написать что пришли пустые листы, можно вежливо сформулировать что-то типа "в связи с неполучением по почте акта проверки из-за его возможной утери при пересылке просим предоставить копию акта проверки..." и т.д.
Как максимум, можно попытаться раздуть ситуацию аж до преступления, которое, по вашему мнению, готовится, обратиться с заявлением в полицию и внутреннюю безопасность ДФС. Пояснить там, что вы убеждены, что неустановленными в данный момент сотрудниками ДФС планируется будущее внесение заведомо неправдивых сведений (о проведенной якобы отправке в адрес предприятия акта проверки) в служебные документы налоговой службы, с целью лишить вас возможности подать возражения на акт проверки и впоследствии вынести "податкове-повідомлення рішення", попросите проверить эти факты, установить виновных лиц и т.д.
Совершенно не факт, что это к чему-то приведёт в результате, но шум поднять можно, чтобы люди больше не пытались такие фокусы с вами проворачивать.
Еще можете позвонить на "Пульс податкової" так называемый, там же изложить эту информацию, попросить посодействовать в срочной выдаче вам повторно копии акта.
В любом случае обратиться с запросом в налоговую о предоставлении копии акта проверки необходимо.