Процесс по делу Милошевича не был закончен, так как подсудимый 11 марта 2006 года умер в тюрьме в Гааге, согласно данным аутопсии, от инфаркта миокарда. Он был обнаружен тюремным персоналом без признаков жизни на кровати в своей камере в Схевенингене.[12]
В 2003, за три года до смерти Милошевича, его жена Мира Маркович публично заявляла, что лечение, назначенное Милошевичу тюремным кардиологом, «требует гораздо более оперативной корректировки», а утверждения официальных представителей трибунала о том, что в тюрьме есть необходимое медицинское наблюдение, назвала «абсолютной ложью»[10].
Незадолго до трагического исхода здоровье Милошевича резко ухудшилось, он страдал от повторяющихся сердечных приступов и ходатайствовал о лечении в России, заявив, что врачебные меры, предпринятые по месту заключения, результата не возымели и носили исключительно поверхностный характер. Трибунал отказал ему, мотивировав отказ тем, что ссылка на болезнь является лишь предлогом для того, чтобы скрыться от суда. Российская сторона сообщила в Гаагу, что даёт полную гарантию возвращения экс-президента на скамью подсудимых. В письме, написанном за три дня до смерти и адресованном МИД России,[12] Слободан Милошевич писал: