В 1996 году в результате незаконного испытания препарата Trovan в Нигерии (штат Кано) погибло 11 детей, несколько десятков стали инвалидами. В отношении Pfizer было возбуждено уголовное дело.
В 2004 году Pfizer, признав себя виновной в двух преступлениях, заплатила 430 миллионов долларов, чтобы урегулировать обвинения в мошенническом рекламировании противоэпилептического препарата нейронтина (габапентин) по неодобренным показаниям. В 2003 году продажи этого препарата составили 2,7 миллиардов долларов, и около 90 % продаж было офф-лейбл.
В сентябре 2009 года в США компания Pfizer была оштрафована на рекордную среди американских фармацевтических компаний сумму 2,3 млрд долларов за ненадлежащую рекламу четырёх препаратов: болеутоляющего Bextra, атипичного нейролептика Geodon, противоэпилептического средства Lyrica (прегабалин) и антибиотика Zyvox. Дочернее предприятие компании признало, что неверно маркировало лекарства «с намерением обмануть или ввести в заблуждение». С Pfizer по суду взыскали 1 миллиард долларов штрафа за то, что она давала взятки сотрудникам здравоохранения, чтобы те выпускали эти лекарства на рынок. Шесть из этих сотрудников получили 102 миллиона долларов.
В 2010 году суд присяжных признал, что компания Pfizer нарушила федеральный закон об организациях, ведущих рэкет и коррупцию, и должна заплатить для возмещения ущерба 142 миллиона долларов. Присяжные также пришли к выводу, что Pfizer участвует в рэкете в течение последних 10 лет.
В августе 2012 года в США Pfizer была приговорена к штрафу в 60 млн $. Комиссия по ценным бумагам и биржам обвинила компанию во взяточничестве и нарушении закона о противодействии коррупции за рубежом в росиии и Казахстане. Выяснилось, что две дочерние компании Pfizer в период с 1997 по 2006 годы потратили более 2 млн $ на взятки, проходившие в отчётах как расходы на маркетинг. Кроме того, в росиии сотрудники предприятий, покупавших препараты Pfizer, могли рассчитывать на «премию» в 5 % от суммы сделки.
В 2015 году управление по защите конкуренции и рынкам Великобритании обвинило Pfizer в незаконном повышении цен на препарат против эпилепсии, продаваемый системе медицинского обслуживания Великобритании, в 25—27 раз.
В июле 2021 года компанию оштрафовали на 260 миллионов фунтов стерлингов за завышение цен на препарат гидрокортизон. Цены на него выросли больше чем на 10 000 процентов. Компания платила потенциальным конкурентам, чтобы те не выходили на рынок. И оставаясь единственным поставщиком, повышала цену препарата.