Тунель був спроектований і збудований ще за часів Австро-Угорщини у 1886 році. За часів експлуатації паровозної тяги на цій ділянці залізниці тунель був вельми незручним відтинком колії для залізничників і пасажирів, оскільки під час руху потягу всередині тунелю він наповнювався парою і димом. Тому, при проїзді Бескидського тунелю, пасажири вагонів вищого класу зачиняли наглухо вікна і прикривали роти та носи хустинками.
В часи Другої світової війни — в ході Львівсько-Сандомирської операції, при відступі німецько-угорських військ, — інженерно-саперні підрозділи 1-ї угорської армії підірвали обмурівку тунелю і порталів, що призвело до обвалу північної і центральної частин штольні. Рух потягів на лінії Стрий — Мукачеве був зупинений на два роки. Силами залізничних та інженерних військ радянської армії тунель було відремонтовано за два роки, і він став до ладу в липні 1946 року.