С началом Гражданской войны Беляев переходит на сторону белых. Он редактирует белые газеты у Деникина и Врангеля. Предчувствуя скорый приход красных в Крым, Беляев «заболевает» параличом (он называет его «туберкулёзом позвоночника»). Эта уловка спасает ему жизнь в период ярой расправы красных в Крыму над белыми и сочувствующим им в конце 1920-го – начале 1921 года.
Впоследствии Беляев всегда рассказывал и указывал в анкетах, что в 1918-1921 годах он провёл в Крыму прикованным к постели («одетый в гипс»). Якобы эти три года он ни с кем, кроме близких и врачей, не общался, к белому движению не примыкал.
Позднее такой же трюк Беляев проделал в середине 1930-х, когда верно спрогнозировал скорое наступление эпохи Большого Террора (после убийства Кирова). Он снова «заболевает параличом» в 1935 году и в таком состоянии находится до середины 1938 года. В результате он оказался редким счастливчиком, кому удалось пережить разгром издательства «Детгиз» (с которым он сотрудничал) в 1937 году, в результате которого были расстреляны или сгинули в ГУЛАГе десятки его сотрудников. На Беляева тогда было написано несколько доносов (с его-то прошлым было понятно, что их не миновать), но даже беспринципные следователи НКВД разводили руками – Беляев ни с кем не контактировал, у него просто не было физической возможности заниматься вредительством и саботажем, встречаться с иностранными шпионами.