у меня не 1 машина) а скажем так несколько)) и есть действительно некоторые открывают за пару недель, а некоторые стоят по 2 месяца и более. Поэтому Ваш случай скорее всего не закономерность , а случай. По поводу простоя контейнера, 7дней контейнер стоит бесплатно, далее Маерск например берет 45 евро за контейнер в день(эта сумма делится на количество авто в контейнере) ,есть официальная бумага с этими цифрами,у другой морской линии может быть другая калькуляция, но простой не бесплатно.. то что с Вас не взяли за простой контейнера тоже странно, не думаю что правила в порту разные.
Какие у Вас были платежи по Клайпеде, может просто одну сумму Вам дали и не расшифровывали?