Вот содержание этого файла:
[boot loader]
timeout=2
default=multi(0)disk(0)rdisk(0)partition(1)\WINDOWS
[operating systems]
multi(0)disk(0)rdisk(0)partition(1)\WINDOWS="Microsoft Windows XP Professional" /noexecute=optin /fastdetect
Вот в слове multi(0)disk(0)rdisk(0)partition(1) и указывается - с какого диска брать Windows (в данном случае - примари мастер disk(0) ), также указывается раздел партишна (в данном случае первый раздел partition(1) )
Выложи что у тебя сейчас в этом Boot.ini, и Я скажу что исправить. А если ты хочешь вообще первый винчестер убрать - то переподключи 80-ку как примари мастер, и в буут.ини запиши то, что указано выше. Но это если ты на 6ГБ раздел запишешь винду, а если на 73ГБ, то надо указать partition(2) - вроде так.
Во всяком случае надо бы загрузочный диск или дискету сделать, чтобы легко загрузиться с нее и исправить если что не так.