Крышка закрывает волновод от магнетрона, без нее внутрь попадут брызги от пиши и тогда может быть намного хуже. Крышка сделана из диэлектрика (слюды или пластмассы) и поэтому не греется, но у вас на нее попала пища, сгорела на ней, образовался токопроводящий нагар который нагрелся и прожег крышку. (Следите за чистотой микроволновки особенно крышки и уплотнений дверцы. Крышку можно сделать из куска какого-нибудь диэлектрика, например пластика от коробки CD. другой пластмассы (проверьте чтобы не коробило и не плавилась при 100 град - температура пара, потом положите в микроволновку только не пустую и проверьте чтобы не грелась) Если микроволновка с грилем - выбор материала посложнее т.к. температура выше. У знакомого прогорела слюдяная крышка, сейчас работает самодельная из пластика.
Да и как выше написали протри там все (в волноводе тоже, только не сломай там ничего).