Вы ж читайте основную тезу письма:
до складу податкового кредиту може бути віднесено частину суми податку на додану вартість, нараховану (сплачену) при придбанні такого автомобіля, яка відповідає незамортизованій частині вартості, але не вище від рівня звичайної ціни, що склалася на момент такого продажу.
Т.е. ГНИ вроде не против включения НДС, но только в неамортизированной части и только при продаже.
Так что возвращаемся к тому, с чего и начали - при ПОКУПКЕ легкового авто- не такси - НДС в НК не относится, что подтверждается все тем же письмом, на которое Вы ссылаетесь.