1. Не зависимо от того, какая была начислена зарплата выше или ниже минимальной, если работник имеет право на применение налоговой социальной льготы, то ее применять нужно.
2. От суммы начисленной зарплаты зависит удерживаются взносы в фонд соцстраха по временной потере трудоспособности в размере 1 или 0,5%. В Вашем случае, да, нужно удержать 0,5%.