Смотря как ты поставишь. Если ты сотрёшь всё перед установкой, отформатируешь жёсткий диск, то сотрутся твои файлы. Если нет - то останутся. Но при желании, даже с отформатированного диска можно восстановить файлы. Так если ты что секретное хранишь - лучше купи новый жёсткий диск и поставь вместо твоего, так гарантированно чисто будет. Либо надо специальными программами через множество проходов затирать данные, чтобы нельзя было восстановить.