Я думаю, можно. У меНЯ постоянно подключен внешний USB винчестер к ноутбуку, и Я выключаю ноут, не отключая винчестер предварительно. Т.е. как будто это встроенный винчестер, просто лежит он отдельно на столе и подключен по USB. Ничего плохого с ним не происходит, т.к. какая разница - выключишь ты винчестер до выключения компьютера, или компьютер выключится, и сам отключит питание винчестера?
З.Ы. У меня винчестер подключён к одному USB порту, т.к. и так хватает питания, не вижу смысла занимать еще один порт, которых на ноуте всего 3. Если работает - подключай к одному порту, два порта имеет смысл только если один не тянет (старая материнка, которая не тянет мощные устройства на USB портах). Хотя, если у тебя есть лишние незадействованные USB порты, то можешь и в два подключать - хуже не будет.