Копировал в свое время на новый диск все каталоги кроме mnt,proc и sys, создав предварительно ту же структуру разделов- своп там, корневой, юзерский, затем создавал руками mnt с внутренней структурой, proc и sys. Сейчас еще из media все отмонтировать придется предварительно. Затем chroot /mnt/куда смонтировано. И раньше командовал lilo. А щас наверно придется grubinstall, курите мануалы. Затем поставить винт на соответствующий корневой системе канал.