В подобной ситуации мы с гаишником (правда, по его инициативе) ходили смотреть, как светофор работает. Там дурной перекресток и светофор работает то на два такта, то на три. В результате гаишникам показалось, что я ехал на красный - моего они не видели, пытались предсказать его по светофору для других направлений.
Сходили, посмотрели, извинились, попрощались. Повезло - попались вполне вменяемые люди.
Щас тебе конечно это уже бесполезно, теперь только пытаться оспаривать. Но на будущее - стоит предложить им пройтись до перекрестка и все посмотреть.