Таблица разделов сделанная виндой ничем не отличается от сделанной другой ОС. Бут рекорд отличается, а PT - нет.
Линуксы по-моему очень любят, чтобы нулевой физический сектор принадлежал им. Поэтому если он занят - жалуются. Но конечно не так что "не могу прочитать таблицу разделов".
Может у Федоры какие-то глюки с пониманием винта больше 128 Гб?
Нулевой физический сектор - это MBR.
Ставить туда загрузчик или нет - абсолютно никсам пофиг.
Кстати, у федоры кривой инсталлятор в плане разбивания на разделы.
подтверждаю, федора вообще мне не нравится