Заявление на единый налог можно подать туда же, в ЦНАПП. Но там сидят регистраторы, они примут это заявление. Но проверять правильность его заполнения не будут, ибо не уполномочены. Т.е. Вам нужно будет самим контролировать результат по этому заявлению. Или отнести его после регистрации в налоговую.
