Да, придется. Условия трехлетнего пребывания в собственности не применяются только при отчуждении недвижимости, полученной в наследство. Переход права собственности по договору пожизненного содержания и по наследству не одно и тоже.
На всякий случай уточню: право собственности по договору пожизненного содержания происходит в момент заключения этого договора, а не после смерти отчуждателя. Три года не прошло с момента оформления договора?